首次指出艾滋病可由逆转录病毒引起是在1983年，当时，巴斯德研究所的Barre-Snoussi,Chermann,Montagnier及其同事从一个持续性淋巴腺病综合征(LAS)患者的淋巴结中分离到了含逆转录酶的病毒。当时,一些医生怀疑此综合征与艾滋病有关，但无确凿的证据。由于在几例病毒感染者中观察到淋巴结肿大，许多医生最初认为LAS是由一种已知的人类病毒如Epsteinarr病毒(EBV)或巨细胞病毒(CMV)引起的。此外，巴斯德研究所分离到的逆转录病毒的特征与人T细胞白血病病毒(HTLV)相似。因此,许多研究人员起初认定这种淋巴结分离到的病毒是上述人逆转录病毒家族的一员。在报道发现LAS病原的同一期《科学》杂志上，发表了Gallo及其同事关于从艾滋病患者体内分离到HTLV病毒的论文,其结论支持了以上的观点。
然而,因为与细胞关系紧密和在细胞内低水平复制的特性,HTLV似乎不像是艾滋病的致病因子。既然血友病患者可得艾滋病，那么这种病毒又是怎样由无细胞的血浆产物如第VII因子传播呢?另外，在血液中很少发现游离的HTLI病毒颗粒，而且HTLV非但不杀死淋巴细胞，反而可使淋巴细胞永生化并进入连续生长状态。因此，艾滋病患者特征性的CD4细胞的减少不能用HTLV感染来解释。
1983年,Montagnier与同事所做的进一步研究澄清了有关LAS病原体的这些问题。结果表明,这种人逆转录病毒，虽然在感染CD4+淋巴细胞这一点上与HTLV相似,但仍有许多不同的特征。这些后来被称作淋巴腺病相关病毒(LAV)的病原体，在CD4+细胞中生长滴度很高并可将其杀死，而不像HTLV那样需要在建立的细胞系中培养。这些对LAV的观察为逆转录病毒可能是艾滋病的病原体提供了重要的证据。
其他几个实验室也在寻找引起这种免疫缺陷综合征的病原。1984年初,Gallo及其助手们报道了与HTLV不同的另外一种人类逆转录病毒，他们将其命名为HTLV-I。这种病毒是从成年和儿童艾滋病患者的外周血单核细胞(PBMC)中分离得到的。他们的研究指出，此病毒为嗜淋巴细胞性和细胞致病性的,并报道HTLV-M与HTLV-I、HTLV-I的某些蛋白(尤其是p24核心蛋白)有交叉反应。由此,尽管这种新分离的病毒具有溶细胞性且不能使感染的淋巴细胞建立细胞系，他们认为仍应将其归入HTLV家族。
同时,Levy及其同事(1510)也报道了他们对命名为艾滋病相关病毒(ARV)的逆转录病毒的鉴定。他们不仅从来自不同的已知危险人群的艾滋病患者中分离到了这种病毒，而且从其他有症状的甚至一些健康人体内也能分离到此病原体。在无症状个体中发现ARV首次提示了艾滋病病毒的携带者状态。免疫荧光检查显示出ARV与法国LAV株有一些交叉反应，而且，它在PBMC中可大量繁殖,杀死CD4淋巴细胞，而不使细胞永生化。由此可见,这三种新发现的病毒有相似的特征。更重要的是，如同他们在1984年描述的那样,感染这些病毒的并不仅限于艾滋病患者。他们能从其他有症状个体(如淋巴腺病患者)中分离到病毒。这种现象的发现支持LAS是AIDS症状的一部分。
不久，这三种原型病毒(LAV,HTLVm,ARV)被看作同一逆转录病毒组的成员，而它们的性质提示其属于慢病毒家族。它们与HTLV的蛋白完全不同，基因组的亲缘关系也较远，还比不上与鸡逆转录病毒相近。如此看来,最初的HTLV-I与HTLV的交叉反应是不正确的。艾滋病病毒有许多区别于HTLV的特征。由于以上种种原因,1986年国际病毒分类委员会建议给艾滋病病毒一个单独的名字:人类免疫缺陷病毒或HIV。
数项研究已证实,HTLV-I毒株与LAV毒株是同一病毒。巴斯德研究所的研究人员曾经将LAV送到NIH,在那儿它似乎给NIH的实验室造成了污染。此现象解释了HTLV-I和LAV间独特的分子相似性,这一点与ARV-2(现名HIV-1sz2)及其他病毒株间具有的序列差异相反。令人啼笑皆非的是，法国发现的病原体也是培养中污染的病毒。起初以为病毒是来自某病人(BRU)的分离株,后来发现实际上它来源于另一患者(LAI)。在混合培养中,LAI株生长速度大于BRU。由此，现在将LAV和HTLV-I命名为HIV-1LAI。
随后,HIV相继从艾滋病、艾滋病相关综合征(ARC)、神经综合征患者、及几名健康个体的PBMC中分离出来。因此,这种病原体的广泛传播已引起了注意，而它与艾滋病及相关疾病的密切联系支持此病毒在这些疾病中起着重要的作用。发现HIV-1后不久,在西非分离出了另型病毒一HIV-2。虽然HIV-2的致病过程似乎长一些，两型病毒均能导致艾滋病。
现在已知，有些HIV-1感染者能维持长达19年而无症状，却一直能从其PBMC中分离出病毒。这些患者被称为“长期存活者”或“长期不进展者”，同样值得一提的是，并不像典型的HIV引起的疾病那样，这些患者的CD4细胞数相对稳定。
大约在二十三年前,有人提出在HIV阴性个体中有引起免疫抑制的新的病原体存在的可能，但尚未被证实。在已报道的几例特发性CD4+T淋巴细胞减少综合征患者中，淋巴细胞和CD4+细胞的减少可用检测误差或已知的其他疾病来解释。
在一些病例可观察到T细胞凋亡的加速,但其原因尚不能确定。虽然HIV在艾滋病中的地位受到了挑战,但就此综合征的病原学提出的疑问已陆续有了答案。1994年5月以来积累的数据已使以上问题得到了进步的证实。