关于HIV起源的一个假说将所有的人、猴病毒序列与存在于600~1200年前的共同祖先联系在一起。另外的假说提出,正如我们现在所了解的那样,病毒是在30~ 100年前，也许是在几千年前进入人类的。第一例有关HIV感染人类的记录可以追溯到1959年收集的一份采自非洲的血清样本。然而直到70年代中期,其他采自非洲许多地区的样本都未显示有HIV感染的证据。
因此，关于此病毒是何时、怎样出现的，又是在何时、如何演化成各种亚型(包括O亚型)的问题，仍然是个谜。现在已显示出了几种可能，例如从动物到人之间的频繁传播等。但由于近来认识到HIV-1至少有11种亚型,此假设似乎是不可能的。
HIV侵入一个国家后,能够独立演变成一个完全不同的亚型。但这一假说提示，经过-段有限的传播或分布之后,病毒可在选择的群体中的发生改变。那么,在病毒存在已超过10年的北美为什么只有一种主要亚型呢?也许非洲某些地区的病毒一直在变化，但我们仅在疾病变得明显时才能识别出病毒的亚型。但这种可能性好像很小，因为假如是这样的话,这些独立的变化必须是在本世纪某时期的同一时间发生。可以想象，一个病毒序列也可能由缺乏与共同的已有病毒的差异所致。活排特出一些研究者支持HIV来自于灵长类动物的结论。
尽管尚不能得出决定性结论,SIV和HIV-2之间的关系提供了最令人注目的证据。一个实验室工作者感染了SIV，现在处亚临床感染阶段，其感染的进程将影响对这一可能性的看法。支持HIV-2起源于SIV的另外证据是在利比里亚发现了SIV样的HIV-2毒株。而且，起源于西非的猴SIV毒株在遗传上与HIV-2有关(1674)。然而，随着更多的病毒得到分离及测序，不断观察到了SIV和HIV-2基因组的异源性，随之对HIV是直接来自非人类灵长类慢病毒的观点提出了疑问。
与其他动物慢病毒一样，猴和人的病毒可能是从数千年前侵入动物界的慢病毒祖先独立进化而来。除了从黑猩猩中分离到的毒株(SIVcpz)以外,尚未鉴定出HIV-1的相应的灵长类慢病毒。SIVcrz和HIV-1传播之间的关系还不清楚,而且这两种病毒也有很大区别(见第7章)(1133)。新近从扎伊尔野生黑猩猩中分离的病毒已经完成测序,它来自于一个与其他黑猩猩分离株和O亚型HIV-1等距离的高度变异的病毒组。黑猩猩中慢病毒的稀有性和两类毒株间的变异性并不支持HIV在人和黑猩猩之间的相互传播。
最有可能的假说是,HIV已在非洲某些地区(最可能是中非)的一些小社区存在了几个世纪，由于近来社会和经济的改变而被发现，并在一些人群中传播和演变。尚不明了这些人群的遗传背景是否会影响到病毒亚型的演变，然而,考虑到世界上流行的几个病毒亚型的快速鉴定，似乎HIV的亚型分布是最近发生的而且变化相当迅速。HIV的发现对全世界的公共卫生官员和政府部门提出了警告，即新的传染病原的不断威胁，这些病原能通过目前存在的国际交流而快速传播。对于这些病原的研究及其控制方法的探索,应该使我们洞察未来人类和动物所面临的任何挑战。