在病毒-细胞相互作用的早期，感染同一细胞的两个不同病毒的基因重组的可能性应予以考虑。在异型病毒(即一个病毒颗粒核心中的两个RNA片段来自不同病毒)可以看到这个过程。
可产生有不同生物学和病理学特性的新病毒。通过病毒基因组特定区域(Geg和Env)基因差异的检测，可以判断HIV分离株是否有重组现象。
同源重组可使两个缺陷病毒变得有致病性，并在群体中引入新的毒株，因而给疫苗设计出了难题。
两种野生型病毒急性感染细胞培养后，重组子很早就出现，而且两周内表达超过全部前病毒群的20%。这一结果支持一种可能性，即重组可在抗药株和新的外膜血清型的演化中起重要作用。
此外，一个过去的实验将两个复制差的SIV变异株接种入一只猴子，两周内分离到有活性的重组病毒。 这一发现强调了新毒株出现的可能。特别是在CD4分子未下调而超感染发生时。
HIV株间重组似乎最常在gag和env区域发生，其他位点也有涉及。最近的研究显示了B、C亚型病毒在tat区域的重组。显然，只有发生在有断点但并不影响基因表达的区域时，病毒重组才会被发现。
在一个细胞同时感染一个以上病毒或细胞在CD4分子下调和抗性建立前发生超感染时，重组就可能发生。这一现象可发生在感染的早期(最初的24~72小时)，包括潜伏感染细胞,或在不降低细胞表面CD4蛋白表达的毒株感染的细胞。 毒株间重组的程度尚不清楚，虽然有些研究者认为自然发生的几率可能很高。