某些研究已经强调，存在于血液或生殖液中的大量的HIV变异株得到了选择性的传播.基于对同性恋者及其性伙伴jing液中的病毒研究，有些报道认为嗜巨噬细胞性NSI分离株占多数。然而,另外对急性感染的研究表明:SI和NSI分离株的传播均存在,可能并不存在对一种病毒表型的选择。
在这一点上，已经利用嵌合的人猴免疫缺陷病毒(SHIV，含有嗜巨噬细胞或嗜T细胞病毒的包膜蛋白基因)来研究选择性传播。在一项研究中,具有双嗜性的SHIV89.6通过ying道接种传播给恒河猴，而嗜T细胞系病毒却能经此途径传播。另外一项研究发现，嗜T细胞系病毒SHIV33比嗜巨噬细胞病毒株更容易通过此种途径传播。
嗜巨噬细胞性NSI病毒株占传播优势的概念来自于以下的观点,即ying道中的郎格罕细胞或直肠中的树突状细胞对生殖液中的NSI病毒更易感。最近的研究报道,是存在于阴道中的而不是肠粘膜中的郎格罕细胞对一些HIV-1毒株(如E亚型)比对其他毒株(如B亚型)更易感。
这样就可解释在泰国由异性性接触引起的E亚型感染高度流行的原因。与这些结论相矛盾的是一些研究发现的在培养的即格罕细胞中长势并不好的B亚型毒株，在部分拉丁美洲地区，特别是在巴西以及美国出现了高水平异性性传播，重要的是，最近的研究表明，郎格罕细胞或树突状细胞的选择性感染似乎并不与某些亚型有关。
母婴传播似乎也反映了对特定病毒株的选择性，因为对新生儿及母亲体内病毒的基因分析常表明一种病毒变异株在母亲血液中的水平极低.生物学研究表明这种变异株可抵抗母体内的中和抗体或被这些抗体增强。而且,正如PCR分析所见，在一些病例中存在一种母体内的单一优势变异株的传播。在另一些病例中,在婴儿体内发现的病毒中的异源序列表明曾发生了多次病毒感染或传播事件。
如果在传播中没有选择性，被感染者(性伴侣或是新生儿)会存在多种病毒的传播,其中一种感染更加有效,并且在被感染者体内占优势地位。在这种情况下,分离和培养技术能够发现的不是首先侵染的病毒或者同时侵染的多种病毒，而是能够在宿主体内传播并建立感染的一种病毒。感染可能是随机发生的,SI和NSI病毒均可被传播,但由于宿主体内的某些条件,某种病毒可能成为优势毒株。两个有价值的HIV机会传播的病例提供了一些启示，这些病例与非粘膜传播有关。
将静脉接种主要含有SI病毒的少量血液与肌肉接种主要含有NSI病毒的大量血液的结果进行了比较，前者出现了持续的SI病毒复制和CD4+T细胞迅速下降,后者则首先在血清阳转前出现选择性的SI病毒的扩增，而在血清转阳时出现NSI病毒并伴有CD4+细胞下降。
因此,尽管SI病毒被控制，免疫缺陷仍然进展。已经报道了关于NSI病毒致病机制的相似发现。在另外研究中也观察到以占优势的NSI病毒代替SI病毒的现象,并且在一个病例中发现此现象与宿主体内出现抗SI(而非抗NSI)病毒的中和抗体有关。虽然在早期病毒分离中很少见到病毒表型的转换现象,但这的确反映了宿主是怎样改变病毒感染的。